Αφορμή για την αντιπαράθεση αποτέλεσε η επίκληση από την αντιπολίτευση εγγράφου του 2020 που υπογράφει ο τότε πρόεδρος του οργανισμού Γρηγόρης Βάρρας ο οποίος ζητά από τον Μάκη Βορίδη να λάβει μέτρα για την αύξηση του ζωικού κεφαλαίου και των βοσκότοπων στην Κρήτη την περίοδο 2015 - 2019. 

Σύμφωνα με το περιεχόμενο του εγγράφου που επικαλέστηκε αρχικά ο βουλευτής του ΣΥΡΙΖΑ Αλέξανδρος Μεϊκόπουλος ο κ. Βάρρας εμφανίζεται μεταξύ άλλων να ενημερώνει τον τότε υπουργό πως «προκύπτει αύξηση των απαιτούμενων βοσκοτόπων στο Ηράκλειο και Ρέθυμνο κατά 41% μεταξύ των ετών 2015- 2019 έναντι της τάξεως -2,73% στη Λάρισα. Για την ικανοποίηση της απαίτησης σε εκτάσεις βοσκότοπων των κτηνοτρόφων στην Κρήτη και λαμβάνοντας υπόψη ότι ανήκει στην κατηγορία των ελλειμματικών χωρικών ενοτήτων (ΧΕ) δίνονταν εκτάσεις από πλεονασματικές (ΧΕ) της ηπειρωτικής Ελλάδας. Αυτό σημαίνει ότι οι κτηνοτρόφοι στην Κρήτη επωφελούνται κάνοντας χρήση εκτάσεις άλλων περιοχών». Στην συνέχεια ο κ. Βάρρας υποστηρίζει ότι για να «μετριαστεί το πρόβλημα» εφάρμοσε για το 2019 συγκεκριμένα μέτρα ενώ προτείνει περαιτέρω δράσεις για την συνολική αντιμετώπιση του φαινομένου.

«Έχω μπροστά μου ένα ενημερωτικό σημείωμα, εμπιστευτικό, που στάλθηκε από τον τότε διοικητή του ΟΠΕΚΕΠΕ τον κ. Βάρρα στον πολιτικό του προϊστάμενο, κ. Βορίδη, στις 27/7/2020, το οποίο έγγραφο αποδεικνύει ότι ο Βορίδης γνώριζε για την απίστευτη εκτόξευση του εθνικού αποθέματος. Και όχι μόνο γνώριζε, αλλά το έγγραφο δείχνει και κάτι άλλο. Έχει 9 προτάσεις για το πώς θα περιοριστεί η εκτόξευση του εθνικού αποθέματος» είπε ο κ. Μεϊκόπουλος για να υποστηρίξει στη συνέχεια ότι ο κ. Βορίδης «ψευδόρκησε, απέκρυψε έγγραφα και συκοφάντησε. Πιάστηκε ο κ. Βορίδης και η κυβέρνηση με τη γίδα στην πλάτη».


Αντιδρώντας ο κ. Βορίδης είπε αρχικά ότι δεν ήταν παραλήπτης του εγγράφου και κάλεσε τις υπηρεσίες του υπουργείου αγροτικής Ανάπτυξης να ερευνήσουν αν όντως υπάρχει στο αρχείο πρωτοκόλλου. 

«Έχει προηγηθεί μια ερευνητική διαδικασία 5 μηνών και 76 μαρτύρων. Διαβιβάστηκαν στην εξεταστική επιτροπή χιλιάδες έγγραφα ενώ υπήρξε το υπόμνημα και η κατάθεση του κ. Βάρρα. Το συγκεκριμένο έγγραφο βέβαια δεν κατατέθηκε. Εμφανίζεται σήμερα. Δεν σας δημιουργεί αυτό μια απορία;» αναρωτήθηκε ο ίδιος για να προσθέσει: «γιατί ο κ. Βάρρας ενώ έχει ερωτηθεί για τα ζητήματα αυτά στην επιτροπή απάντησε ότι δεν είχε ενημερώσει τον υπουργό;».


Τέλος ο πρώην υπουργός τόνισε ότι ο Φανής Παππάς, διάδοχος του κ. Βάρρα στον ΟΠΕΚΕΠΕ, έσπευσε να υιοθετήσει μέτρα για τον περιορισμό αυθαιρεσιών ως προς την δήλωση ζωικού κεφαλαίου. «Αυτό το έγγραφο και τα μέτρα που προτείνει έχουν ήδη ληφθεί. Άρα λοιπόν η νευρικότητα υπάρχει σε αυτούς που στην Oλομέλεια μετά την ολοκλήρωση της εξεταστικής επειδή κάτι δεν τους πήγε καλά ανασύρουν κάτι που δεν ήθελαν να το θέσουν τότε για να μην υπάρξει ο έλεγχος της εξεταστικής» είπε ο κ. Βορίδης.